1990 年 10 月 1 日至 1994 年 7 月 18 日，卢旺达发生内战。交战双方为卢旺达政府与以图西族为主的卢旺达爱国阵线。战争初期政府军在法国支持下占上风，后爱国阵线通过游击战等逐步扭转局势。1993 年双方曾达成和平协定，但 1994 年总统哈比亚利马纳遇刺引发了胡图族对图西族的大屠杀，爱国阵线继续作战并最终获胜。
背景
比利时殖民统治时期（1916-1962）强化了胡图族（85%人口）与图西族（14%人口）的族群对立，赋予图西族特权，埋下仇恨种子。1962年卢旺达独立后，胡图族通过革命掌权，卢旺达政权长期被胡图族精英把持。朱韦纳尔·哈比亚里马纳自1973年上台后，建立了一党专政的体制，政治压迫严重，尤其是对图西族群体。许多图西族流亡者在邻国（如乌干达）组建了反对现政权的武装力量，即卢旺达爱国阵线（RPF），并获得一定的外部支持，力图改变国内现状。 20世纪80年代末，卢旺达经济陷入困境，咖啡等主要出口产品价格下跌，加剧了国内的贫困和社会不满。经济压力进一步激化了族群矛盾，为内战爆发提供了社会基础。
事件经过
1990 年 10 月 1 日，约 2000 名流亡乌干达的图西族难民武装在卢旺达爱国阵线领导人弗雷德・鲁维吉耶马率领下，从乌干达南部进入卢旺达，与政府军激战。鲁维吉耶马次日阵亡，爱国阵线受挫，后卡加梅接掌并命令部队撤至维龙加山脉。爱国阵线发动游击战，战斗持续到 1992 年中期，双方势均力敌。期间，卢旺达总统哈比亚利马纳在外部压力下与反对派和谈，“胡图族权力” 极端分子扰乱和谈，爱国阵线 1993 年初再度发动攻势。1993 年 8 月 4 日，在国际社会的斡旋下，卢旺达政府和RPF开始进行停火谈判，卢旺达政府和爱国阵线签署《阿鲁沙协议》，宣告持续近三年的内战结束，联合国也部署了维和行动。1994 年 4 月 6 日，卢旺达总统朱韦纳尔·哈比亚里马纳的座机在基加利上空被击落，总统身亡，胡图族极端势力发动针对图西族及胡图族温和派的大屠杀。爱国阵线从北部基地向首都进逼，战争蔓延全国。
结果与影响
1994年7月，爱国阵线攻占首都基加利及全国主要城市，控制全国，宣布战争结束，成立新政府，保罗・卡加梅成为实际领导人。内战及其后续发展最终导致1994年大屠杀，约80万人丧生，造成巨大的人员伤亡和家庭破碎，给卢旺达乃至国际社会带来深重悲痛。卢旺达危机深刻影响了刚果民主共和国（原扎伊尔），引发了第一次刚果战争（1996-1997）和第二次刚果战争（1998-2003），导致地区局势更加动荡，并造成了数百万人的死亡。卢旺达在刚果战争中扮演了重要角色。